Η 3η Αίθουσα είναι αφιερωμένη στην εκκλησιαστική ιστορία και την πνευματική παράδοση του Φιλωτίου. Στον ιδιαίτερα κατανυκτικό αυτό χώρο παρουσιάζονται παλιές ιερές εικόνες, πολύτιμα εκκλησιαστικά κειμήλια ρωσικής προέλευσης και αντικείμενα που συνδέονται με τη λατρευτική ζωή της Παναγίας της Φιλωτίτισσας. Κάθε έκθεμα αποτελεί μια ξεχωριστή μαρτυρία πίστης, ευλάβειας και προσφοράς, διατηρώντας ζωντανή τη μνήμη ανθρώπων και εποχών που έχουν περάσει.

Ανάμεσα στα εκθέματα ξεχωρίζουν τα παλαιά εκκλησιαστικά έπιπλα και ψαλτήρια, γύρω από τα οποία αναπτύχθηκε επί γενιές η λειτουργική και ψαλτική παράδοση του τόπου. Ιδιαίτερη θέση κατέχει ο παλαιός Επιτάφιος, ένα σημαντικό κειμήλιο άμεσα συνδεδεμένο με τις ακολουθίες της Μεγάλης Εβδομάδας και τη βαθιά θρησκευτικότητα των κατοίκων του Φιλωτίου.

Στην αίθουσα παρουσιάζονται επίσης κολυμβήθρες διαφορετικών εποχών, οι οποίες μαρτυρούν τη συνέχεια του μυστηρίου της Βάπτισης μέσα στον χρόνο, καθώς και σπάνιοι χειρόγραφοι κώδικες που διασώζουν πολύτιμα στοιχεία της εκκλησιαστικής ζωής και ιστορίας. Τα αρχιερατικά άμφια, με την περίτεχνη διακόσμηση και τους συμβολισμούς τους, μαζί με τα παλαιά εκκλησιαστικά λάβαρα, αναδεικνύουν τη λαμπρότητα και την ιερότητα των θρησκευτικών τελετών.

Ιδιαίτερη ιστορική και συναισθηματική αξία έχει το επιβλητικό ρολόι-έπιπλο, το οποίο στάλθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα στην Παναγία τη Φιλωτίτισσα από Φιλωτίτες που εργάζονταν στη Μικρά Ασία. Το πολύτιμο αυτό δώρημα φανερώνει τον ισχυρό δεσμό των ξενιτεμένων κατοίκων με τη γενέτειρά τους και τη βαθιά αγάπη τους για την εκκλησία του χωριού, ακόμη κι όταν βρίσκονταν μακριά από τη Νάξο.

Ανάμεσα στα σπανιότερα εκθέματα βρίσκεται και ο «κηροποιός», ένας παλιός χειροκίνητος μηχανισμός κατασκευής κεριών. Η παρουσία του θυμίζει μια εποχή κατά την οποία ακόμη και τα κεριά που χρησιμοποιούνταν στις ακολουθίες και στα καντήλια κατασκευάζονταν με υπομονή, δεξιοτεχνία και προσωπικό μόχθο.

Μέσα από τα ιερά κειμήλια, τα χειρόγραφα και τα λειτουργικά αντικείμενα, η Αίθουσα 3 δεν παρουσιάζει απλώς μια συλλογή παλαιών εκθεμάτων. Αφηγείται τη μακραίωνη σχέση των Φιλωτιτών με την ορθόδοξη πίστη, την Παναγία τη Φιλωτίτισσα και την εκκλησιαστική παράδοση του τόπου τους. Είναι ένας χώρος μνήμης και συγκίνησης, όπου η ιστορία συναντά την πίστη και η ευλάβεια των προηγούμενων γενεών μεταδίδεται στους νεότερους.